„Zur ehemaligen DDR hatte ich vor der Wende gar keine persönlichen oder familiären Beziehungen“, erinnert er sich. Allerdings war ihm die Robert-Rössle-Klinik als Einrichtung bekannt, die Forschung und Klinik in hervorragender Weise verbindet. Als Klinikarzt Patienten zu helfen und gleichzeitig Forschung zu betreiben, das war schon für den jungen Studenten Peter M. Schlag die Idealvorstellung seiner persönlichen Karriere.
Schon früh interessierte sich der aus einer Medizinerfamilie stammende Bad Tölzer für biologische Zusammenhänge. Auf der anderen Seite bewunderte er die Mutter, die als praktische Ärztin unermüdlich und einfühlsam für ihre Patienten da war. Deshalb begann er 1967 in Düsseldorf Medizin zu studieren, arbeitete später in Ulm und Heidelberg. Seine Begabung für chirurgisches Arbeiten und die beeindruckende Erfahrung, im OP sehr effektiv Menschen helfen zu können, führten zu seinem Entschluss Chirurg zu werden. Er spezialisierte sich bald auf die Chirurgische Onkologie und begann gleichzeitig, an grundlagenorientierten Fragen der Krebsentstehung zu forschen. So beschäftigte er sich mit multimodalen chirurgischen Eingriffen und deckte einen Mechanismus auf, auf Grund dessen es am operierten Magen gehäuft zur Tumorbildung kommen kann.
1982 wurde Prof. Schlag als C3-Professor und Leiter einer neu aufzubauenden chirurgisch-onkologischen Sektion an die Chirurgische Universitätsklinik in Heidelberg berufen. Hier begann er, eine enge Zusammenarbeit zwischen Klinik und dem Deutschen Krebsforschungszentrum aufzubauen und beschäftigte sich zunehmend mit molekularbiologischen Mechanismen der Tumorentstehung und der Metastasierung. 1992 schließlich erfolgte die Berufung nach Berlin.
 Die Arbeit als Klinikarzt in der Robert-Rössle-Klinik und als Forschungsgruppenleiter im Max-Delbrück-Centrum kommt seiner Vorstellung vom Zusammengehen von Klinik und Forschung recht nahe. In seiner Autobiografie in dem Buch „Wissenschaftler im biomedizinischen Forschungszentrum" schreibt er: „Nach meiner Ansicht gibt es bis heute keine Institution in Deutschland, welche in der Onkologie eine solche Konzeption in so vorbildlicher Weise praktiziert und verwirklicht hat, wie dies am Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin mit der assoziierten Robert-Rössle-Klinik der Fall ist …“
Prof. Schlag und seine Mitarbeiter beschäftigt heute die Frage, warum bestimmte Tumoren metastasieren, also Tochtergeschwülste bilden, und andere nicht. Dies lässt sich besonders gut in enger Zusammenarbeit mit den Grundlagenforschern bearbeiten. Hierbei hat sich die Zusammenarbeit mit Prof. Walter Birchmeier vom MDC besonders gut entwickelt. Die Grundlagenforscher untersuchen Tumorgewebe, das bei Operationen entfernt wurde, auf bestimmte Genveränderungen hin. Auf Basis solcher Erkenntnisse hofft man, Therapien gegen die Metastasenbildung entwickeln zu können. Weiter arbeitet sein Team an einer lokalen Gentherapie. Hierbei sollen Tumorzellen genetisch so verändert werden, dass sie unter bestimmten Bedingungen eine für sie tödliche Substanz produzieren.
Im klinischen Alltag hat Prof. Schlag verschiedene Therapien etabliert, die den Patienten direkt zugute kommen, wie die isolierte Organ-Perfusionstherapie, bei der eine tumorbefallene Gliedmaße oder andere Körperteile abgekoppelt vom restlichen Kreislauf mit hochdosierten biologischen Zellgiften wie beispielsweise dem Tumornekrosefaktor durchströmt werden.
In Berlin lebt Prof. Schlag mit seiner Familie, er hat zwei erwachsene Kinder, auch nach dreizehn Jahren immer noch gern. In seiner knappen Freizeit schätzt er besonders das reiche Angebot an Kunst und Kultur in der Stadt. Mit dem Ortsteil Buch hat er aber noch so seine Schwierigkeiten. „Hier muss etwas her, das dem Ort ein positives Image gibt“, findet er. Ein Life Science Center, das viele Besucher anzieht und in dem die Menschen spielerisch etwas über die Themen Leben, Gesundheit und Zukunftsmedizin lernen können, das kann er sich für Buch gut vorstellen.
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